Claude conçoit des protéines qui fonctionnent en labo

Claude conçoit des liants protéiques efficaces contre quatorze cibles sur quinze, avec un taux de réussite mesuré à 26,8 % en laboratoire humide. Anthropic a confié la vérification à deux prestataires extérieurs plutôt qu’à ses propres équipes. Le protocole complet, prompt système de seize mille mots compris, a été publié.

Pour résumer

• Sur 1 320 designs fabriqués et testés, 354 se sont fixés à leur cible, soit 26,8 % contre 10 à 15 % pour une campagne classique.
• Contre la cible RBX1, le meilleur design se fixe environ dix fois plus fort que celui du vainqueur du concours organisé par Adaptyv Bio.
• Anthropic reconnaît l’absence de groupe témoin humain et l’absence de validation structurale des liants annoncés.

Quatorze cibles sur quinze, vérifiées en laboratoire humide

Claude conçoit ces liants en pilotant lui-même une chaîne d’outils de biologie computationnelle, du dessin du squelette jusqu’au filtrage des candidats. Deux modèles ont été mis au travail, Mythos Preview et Opus 4.8. Sur quinze cibles protéiques, quatorze ont donné au moins un liant confirmé en laboratoire.

Le taux global s’établit à 26,8 %, soit 354 designs actifs sur 1 320 fabriqués. En mode multi-cibles, Mythos Preview atteint 26,7 % et Opus 4.8 22,6 %. En mode mono-cible, avec un budget de calcul multiplié par 2,8, Mythos Preview monte à 35,1 %. Les designs les mieux classés par le modèle lui-même montent à 49 % de réussite.

La fourchette de référence pour une campagne de design de liants menée aujourd’hui se situe entre 10 et 15 %. L’écart tient au volume autant qu’au taux, le tri final ayant porté sur plus d’un millier de séquences. Fabrication et mesure ont été confiées à Adaptyv Bio et Twist Bioscience, qui n’ont pas participé à la conception.

Le cas RBX1 est celui qui donne l’écart le plus net. Claude y obtient 40 % de réussite quand les participants humains d’un concours de design plafonnaient à 3,7 %, et le prestataire qui a produit et mesuré les séquences détaille son protocole de test. Son meilleur candidat se lie à 3,9 nanomolaires contre 45 nanomolaires pour le vainqueur du concours.

Sur TNFα, Opus 4.8 a produit des liants qui fonctionnent à la fois sur les versions humaine, singe et souris de la protéine. Cette réactivité croisée n’est pas un détail de laboratoire, puisqu’elle conditionne les essais précliniques. Sur l’ensemble du travail, 130 designs sur 233 se fixaient aussi à la version murine de leur cible, un point qui prolonge directement l’orientation prise quand Anthropic a mis Claude au service des maladies négligées avec des partenaires pharmaceutiques.

Deux cibles ont résisté. Le baril bêta de synthèse BBF-14 n’a rien donné de concluant, et la protéine de liaison au maltose non plus, malgré quatre-vingt-dix designs soumis au test. Anthropic publie ces deux échecs au même niveau que les réussites.

Cinquante mille dollars la campagne, sans expert dans la boucle

Le coût est le chiffre qui va circuler le plus vite. Une campagne multi-cibles revient à environ 50 000 dollars, une campagne mono-cible à 10 000 dollars, avec jusqu’à 12 500 heures de GPU H100 pour la première. Cette économie s’inscrit dans le prolongement direct de la plateforme dévoilée début juillet, quand Anthropic a ouvert un poste de travail scientifique destiné aux laboratoires.

Aucun modèle de biologie inédit n’entre dans l’équation. Les briques utilisées sont publiques, de RFdiffusion3 à PXDesign pour les squelettes, SolubleMPNN pour les chaînes d’acides aminés, ESMFold2 et Protenix v2 pour la prédiction. Le modèle joue le chef d’orchestre sur plus d’une douzaine d’outils répartis dans vingt-quatre workflows, sans intervention humaine en cours de route.

Un second volet, moins commenté, concerne la chimie analytique. Opus 5 a traité des données RMN brutes en vingt-trois minutes et des données LC-MS en dix-neuf minutes, sur des formats propriétaires d’instruments. Le comptage d’hydrogènes par pic tombe à 0,08 près de celui du laboratoire, et la pureté mesurée à 96,4 % contre 96,33 %. C’est le même modèle que celui dont nous avions relevé qu’il rivalisait avec le haut du marché à moitié prix.

Pour une équipe de recherche, la conséquence se lit dans la répartition du travail. Quand Claude conçoit et enchaîne lui-même les étapes, l’expertise d’orchestration perd de la valeur et celle qui porte sur la lecture critique des résultats en gagne. Le goulot d’étranglement se déplace vers la paillasse.

La fiabilité de cette orchestration reste le point à surveiller. Deux tiers du prompt système sont consacrés à la gestion des enchaînements et des budgets, ce qui donne la mesure de l’effort nécessaire pour tenir un agent sur une chaîne longue. Nous avons documenté la difficulté il y a six jours, quand trois agents Claude lancés sur un même projet se sont mutuellement gênés.

D’autres articles sur Horizon

• Cursor Origin défie GitHub pendant six heures de panne
• OpenAI gèle son plus gros entraînement d’IA
• Le datacenter OpenAI de l’Ohio décroche 105 milliards

Le prompt de seize mille mots est public

Anthropic a mis en ligne les prompts, les jeux de données de design et les mesures expérimentales, en plus du rapport technique. Le lab a détaillé la méthode et les résultats dans sa publication de recherche sur l’accélération du design de protéines. Rien dans la chaîne décrite n’est réservé à ses équipes.

C’est la partie qui va peser sur les concurrents. Un laboratoire équipé d’un modèle généraliste, d’un fournisseur de calcul et d’un prestataire de synthèse peut rejouer la manipulation sans licence particulière. La barrière à l’entrée n’est plus l’accès aux outils de design, elle est dans la capacité à écrire les seize mille mots d’instructions qui les tiennent ensemble.

Les réserves posées par Anthropic méritent d’être lues avant d’extrapoler. Aucune campagne humaine parallèle n’a servi de témoin, ce qui interdit de conclure à une supériorité sur des spécialistes équipés. Seuls 354 designs ont été testés expérimentalement, aucune structure n’a été validée, et quatre des six cibles issues du concours figuraient dans les documents consultés par le modèle.

Le sujet touche aussi au dossier des garde-fous. Un modèle généraliste capable de piloter seul une chaîne de conception de protéines devient un objet de politique de sécurité autant qu’un outil de recherche, et la maison a déjà connu un raté sur ce terrain quand un filtre dédié aux risques biologiques est resté inactif pendant onze mois.

La prochaine étape se jouera sur la réplication. Tant qu’aucune équipe extérieure n’a repris le protocole face à une campagne menée par des spécialistes, le taux de 26,8 % reste un résultat interne validé par des tiers. La publication des données rend cette confrontation possible dès maintenant.

Affaire à suivre sur Horizon.